Sekitar 1882 pada zaman Hindia Belanda, urusan mengenai kesehatan di Indonesia diatur oleh Het Reglement of de Dienst der Volksgezondheid. Hingga pada 1915 diadakan investigasi terkait penyakit yang muncul akibat cacing tambang oleh Heiser. Lalu pada 1924, diadakan investigasi lanjutan atas temuan Heiser pada 1915 oleh Dr John Lee Hydrick dan Dr Van Noort yang pada akhirnya meminta Pemerintah Hindia Belanda saat itu untuk membiayai pemberantasan cacing tambang dan pencegahan penyakit yang disebabkan oleh sanitasi yang kurang baik dengan dibentuknya Divisi Pendidikan Kesehatan.
Waktu berkembang hingga pada akhirnya di tahun 1930, Pemerintah Belanda mengambil alih secara utuh pembiayaan upaya pendidikan kesehatan. Enam tahun berselang, pada 1936 berdirilah Sekolah Mantri Kesehatan di Purwokerto, lulusannya dikenal sebagai Mantri Kakus. Hingga pada 1942-1947 terjadi pergeseran kekuasaan dari Pemerintah Belanda ke Pemerintah Jepang menyebabkan lulusan Mantri Kakus disebar di seluruh Jawa dan Madura serta sebagian lain tetap mengajar pada sekolah tersebut.
Setelah Indonesia Merdeka pada 1945, terbentuklah “Juru Hygiene Desa” yang dicanangkan di Banyumas dengan fokus kerja penyediaan air bersih dan jamban. Pada saat itu, para juru hygiene desa diberikan nafkah berupa bengkok sawah oleh kepala desa. Pada 1952 terbentuklah Sekolah Kontrolir Kesehatan di Jakarta atas kesadaran “mencegah lebih baik dan lebih murah”. Dua tahun berselang, tepatnya pada 1954 Sekolah Kontrolir Kesehatan berubah nama menjadi Akademi Kontrolir Kesehatan (AKK) yang lulusannya bergelar sarjana muda (B.Sc.).
HAKLI merupakan singkatan dari Himpunan Ahli Kesehatan Lingkungan Indonesia atau The Indonesian Association of Environmental Health (IAEH) yang didirikan di Bandung Jawa Barat. Profesi sebagai wadah pemersatu dan pembina profesional kesehatan lingkungan yang secara khas beragam dan berjenjang dari latar belakang pendidikan, lapangan kerja, posisi, peran dan jalur peminatan menjadi satu kesatuan jejaring fungsional dengan keahlian kesehatan lingkungan. HAKLI dibentuk dan didirikan pada tanggal 12 April 1980, dengan sadar dan keinginan luhur yang didasari oleh ilmu, ketrampilan dan sikap yang dimiliki HAKLI merupakan pengembangan dan perubahan dari organisasi Ikatan Kontrolir Kesehatan Indonesia (IKKI) yang didirikan pada tanggal 5 September 1955.
Himpunan Ahli Kesehatan Lingkungan Indonesia (HAKLI) merupakan Organisasi yang menghimpun para ahli kesehatan lingkungan, yang mana organisasi ini berorientasi pada kesehatan masyarakat serta juga berorientasi pada berbagai konsep diluar kesehatan masyarakat seperti pelestarian alam, sistem lingkungan, kelengkapan body of knewledge dalam kesatuan pendekatan multidisipliner dan hal-hal lain tentang Kesehatan Lingkungan.Kesehatan lingkungan adalah kondisi lingkungan yang mampu menompang keseimbangan yang dinamis antara manusia dan lingkungan untuk mendukung tercapainya kualitas hidup manusia yang sehat, aman, nyaman dan bersih. Sejarah Himpunan Ahli Kesehatan Lingkungan Indonesia (HAKLI) tidak terlepas dari sejarah kesehatan maupun perkembangan sekolah sanitarian di Indonesia.
HAKLI memiliki tujuan meningkatkan daya dan hasil guna para anggotanya dalam mengabdikan keprofesionalannya serta meningkatkan dan mengembangkan kesehatan lingkungan agar lebih berdaya bagi peningkatan profesi dan pembangunan kesehatan lingkungan untuk kesejahteraan.
HAKLI sebagai organisasi profesi, para anggotanya dilandasi oleh kemampuan dan ketrampilan di bidang ilmu dan seni kesehatan lingkungan dalam upaya mengembangkan budaya perilaku hidup sehat dan pengelolaan lingkungan yang bersih, aman, nyaman, sehat dan sejahtera sesuai dengan harkat dan martabat manusia.
HAKLI keanggotaannya bersifat stelsel aktif dengan berbagai latar belakang jenis dan jenjang pendidikan kesehatan lingkungan dan yang terkait, yang menjalankan profesinya di bidang kesehatan lingkungan dan atau peduli terhadap pengelolaan lingkungan baik di lingkungan pemerintah maupun non pemerintah.
HAKLI dilingkungan pemerintah/sektor kesehatan, anggotanya yang berminat menjadi tenaga fungsional dikembangkan sesuai kompetensinya sebagai tenaga fungsional dengan sebutan Sanitarian, terdiri dari Sanitarian Terampil (Pelaksana), Sanitarian Ahli (Pelaksana Lanjut, Pengelola, Penyidik) dan Sanitarian Spesialis (Pendidik, Peneliti, Penyidik Lanjut).